8 июня 1909 г. на очередном собрании Барнаульской городской думы рассматривалось ходатайство комитета по постройке церкви в нагорной части г. Барнаула, о безоплатном отводе места под церковь, школу и кладбище. Председательствовал заступающий на место городского головы И. В. Быков, участвовало 23 человека гласных.
Было доложено, что комитет по постройке церкви в нагорной части г. Барнаула обратился в городскую управу с бумагою от 7 мая с. г. за № 1 следующего содержания: «Жители нагорной части г. Барнаула, прихожане градо-Барнаульской Знаменской церкви, приговором своим от 12 апреля с. г. /в копии при сем прилагаемой/ постановили ходатайствовать о разрешении им построить церковь во имя Святой Троицы. Место под постройку церкви они усматривают на Большой Змеевской улице между двумя озерами, против домов за №№ 96 и 123, устраиваемое место имеет в длину до 90 сажень (от озера до озера), в ширину для упомянутой надобности отвести 20 сажень. Так как Большая Змеевская улица в данном месте имеет в настоящее время 40 сажень ширины, то с отведением в ширину 20 сажень, останется по ту или другую сторону церкви, школы и причтовых домов по 10 сажень, столько, сколько имеют в ширину остальные улицы в нагорной части г. Барнаула. Докладывая о сем Барнаульской городской управе, строительный комитет, на которого возложено упомянутым приговором ведение дела о постройке церкви в нагорной части г. Барнаула, покорнейше просит Городскую Управу без замедления предложить на обсуждение Городской Думы вопрос о безоплатном отводе места под построение церкви, при ней школы и причтовых домов размером в длину 90 сажень, в ширину 20 сажень, в той части Большой Змеевской, улицы, которая указана выше. Строительному комитету известно еще другое желание нагорных жителей иметь кладбище в участке, занимаемом госпожой Сбитневой (прибывшем пороховом погребе).
Строительному комитету желательно, чтобы вопрос об отводе места под кладбище в указываемом участке также был предложен на обсуждение Барнаульской городской Думы».
По мнению городской управы под церковь и школу при ней следует отвести городской земельный участок, расположенный по Большой Змеевской улице между двумя озерами, но только в меньшем, чем заявляет комитет по постройке церкви размере, а именно в длину 50 и в ширину 20 сажень, под дома причта церкви может быть предоставлено одно из свободных селитебных мест по названной выше улице вблизи участка, предназначенного под церковь и школу. Что касается отвода места под кладбище, то управа высказывается против этого, так как в нагорной части города, где предположена постройка церкви, кладбище имеется.
При обсуждении доложенного гласный М. М. Гуляев высказал, что удовлетворение просьбы комитета по постройке церкви в нагорной части города следует обусловить тем, чтобы церковь была приходская с самостоятельным приходом.
Приняв это мнение, гласные всецело присоединились с представлением городской управы. Вследствие чего Барнаульская городская дума единогласно постановила: согласиться с представлением городской управы, причем обусловить, чтобы церковь в нагорной части города была приходская с самостоятельным приходом.
С этого времени начался сбор средств на постройку церкви. Были отпечатаны в типографии именные квитанции о внесении в комитет денежных средств на построение церкви в нагорной части г. Барнаула во имя Св. Троицы. На квитанции стояла круглая печать «Строительный комитет Св. Троицы церкви в г. Барнауле».
Проект церкви и документы по строительству выявить в архиве не удалось. По клировой ведомости о Знаменской церкви за 1912 г. Троицкая церковь значится как молитвенный дом и приписан к ней. В клировой ведомости по Знаменской церкви за 1914 г. сказано: «молитвенный дом Святой Троицы, состоящий: Барнаульского уезда, Томской епархии в г. Барнауле, приписанный к Знаменской церкви построен в 1912 году тщанием доброхотных пожертвований и освящен 30 сентября (ст. ст.) 1912 года, но окончательно достроен в 1914 году. Зданием: каменный с деревянной небольшой надстройкой для колокольни, крепок, покрыт железом. Престол в нем один – во Имя Святыя Троицы. Утвари для богослужений достаточно. Крестов напрестольных: большой один и два маленьких серебряных, два медные. Потиров с принадлежностями серебряных один; Евангелий два с серебряными наугольниками и срединой, одно в ¼ листа, а другое в 1/8 листа… Земли собственно под церковью (молитвенным домом) и отведенной для постройки настоящей церкви 1000 кв. сажень. Земли отведено Барнаульской городской Управой для постройки причтовых домов 495 кв. сажень… Почтовый адрес церкви: г. Барнаул, Знаменская церковь…Ближайшие к сей церкви: Кладбищенская (Иоанно-Предтеченская) и домовая Духосошественская при доме призрения малолетних». Один из важных фактов – до освящения церкви комитет по постройке Свято-Троицкой церкви вновь обратился в городскую управу с ходатайством о переименовании Большой 11 сентября 1912 г. на очередном собрании Барнаульской городской думы под председательством городского головы Н. П. Переломова, 27 гласных, от духовенства – протоиерей Иоанн Горетовский, был рассмотрен вопрос о переименовании улицы:
«Доложено: 27 августа 1912 года Комитет по постройке Свято-Троицкой церкви в нагорной части г. Барнаула обратился в Городскую Управу следующим отношением: в г. Барнауле на Б. Змеевской улице проектирована постройка каменного храма во Имя Святыя Троицы, постройка дело ближайшего будущего; в производстве принимают и будут принимать участие жители нагорной части г. Барнаула, по которой пролегает означенная улица.
В настоящее время закончено каменное здание, имеющее быть временно, до достройки храма, молитвенным домом и затем школой при будущем храме.
В ознаменование этого события жители нагорной части г. Барнаула в общем собрании своем 5 августа текущего года постановили ходатайствовать пред Городской Думой о наименовании Б. Змеевской улицы «Троицкою». Доводя до сведения Городской Думы о таковом желании нагорных жителей г. Барнаула Строительный Комитет просит Городскую Думу дать делу надлежащий ход».
«Высказываясь за удовлетворение этой просьбы, Городская Управа со своей стороны предполагала бы переименовать Большую Змеевскую улицу в проспект, так как при значительной ширине ее в будущем появится возможность по средине ее разбить бульвар и просить Думу возбудить соответствующее ходатайство.
Городская Дума единогласно постановила: возбудить ходатайство переименования Б. Змеевской улицы в Троицкий проспект».
Так как Троицкая церковь была приписной к Знаменской церкви, причта в ней не было положено, а служили в ней священники Знаменского храма. С 1912 г. поочередно службу вели в ней настоятель Знаменской церкви 67-летний протоиерей Николай Петрович Корольков – известнейший священник Барнаула, много лет бывший духовником всех церквей города. Вторым штатным священником в то время был 31-летний Сергей Васильевич Хонин, окончивший Томскую духовную семинарию и тоже успешно трудившийся на ниве Христовой.
Церковным старостой в Троицком молитвенном доме с октября 1912 г. Был барнаульский мещанин Андрей Иосифович Галашев, у которого находилась церковная печать, он же заведовал церковными деньгами. Если в 1912 г. Источника содержания членов причта и количество поступающего от них дохода не было, то в 1914 г. уже поступали проценты с капитала 7 руб. 60 коп. В этом же году был избран новый староста Павел Васильевич Хлюпин, должность которого утверждена указом Томской духовной консистории 10.10.1914 г.
Но наступали тяжелые времена, началась Первая мировая война. По сохранившимся приходно-расходным книгам видно, на какие нужды собирались деньги. За сентябрь 1915 г. собраны деньги в пользу сирот лиц, погибших при исполнении служебных обязанностей, тарелочных сборов в пользу беженцев, в пользу памяти воинов, погибших в войну с Японией, в пользу Красного креста, в пользу голодающим Буковины и Галиции, на постройку церкви и школы для переселенцев.
Также в сентябре 1915 г. получено согласно духовному завещанию Ивана Фадеевича Бадьина пожертвованных на колокол – 2000 руб. Жертвуют деньги и на нужды храма. Церковь делает сборы от продажи свечей, просфор. Все приходно-расходные книги подписаны протоиереем Николаем Корольковым.
В сентябре 1918 г. выходит Указ Томского епархиального совета от 26 сентября с.г. за № 19352, причту Знаменской церкви г. Барнаула «…дано знать, что протокольным определением Епархиального начальства от 23 сентября с.г. за № 565 при Троицкой церкви г. Барнаула открыть самостоятельный приход с причтом в составе священника и псаломщика с отнесением содержания причта на местные средства, о чем и сообщается Вам для сведения».
Теперь все приходно-расходные отчеты подписывает церковный староста,
председатель церковного совета и члены ревизионной комиссии.
В 1918 г. выходит постановление новой власти об отделении церкви от государства и об изъятии из церкви метрических книг для записи о рождающихся, бракосочетающихся и умерших. В Троицкой же церкви метрические книги велись до 1934 г. Церковь окормляла жителей не только Барнаула, но и сел Камышенского, Рассказихи, деревень Бобровки, Бельмесево, Лебяжье, Санниковой, Ерестной, поселков Ягодного и Черницкого.
В списке дел ликвидационного отделения (по отделению церкви от государства) от 24 апреля 1922 г. и по изъятию ценностей из домов религиозного культа Троицкая церковь под № 11, и из церкви в марте-апреле изъято 5 сосудов и других предметов церковного обихода весом 2 фунта и 18 золотников.
В июне 1927 г. был арестован настоятель Знаменской церкви протоиерей Николай Завадовский, и Барнаульский епископ Владимир (Юденич) поручил служить в Знаменской церкви поочередно священникам Троицкой церкви о. Валентину Попову и о. Афанасию Маркевичу.
По приходно-расходной книге за 1928 г. видно, что церковь содержит еще хор, которому уплачено в январе месяце 90 руб. И, видимо, в церкви уже проведено электричество, т. к. идет оплата за электроэнергию – 13 руб. 70 коп.
С 1928 по 1932 г. в Троицкой церкви служил священник Андрей Николаевич Кидаров (1894 г. р.), окончивший полный курс в Томской духовной семинарии в апреле 1917 г. Рукоположен был во священника архиепископом Анатолием Томским в мае 1917 г. и служил в с. Нечунаевском в Иоанно-Предтеченской церкви. Отец и дед о. Андрея тоже были священниками. В июле 1937 г. Андрей Николаевич Кидаров был арестован и 24 сентября расстрелян. Реабилитирован 7 апреля 1959 г.
3 марта 1939 г. вышло постановление № 730 организационного комитета ВЦИК по Алтайскому краю, где рассматривалось «Ходатайство Барнаульского городского совета об изъятии религиозной общины (Троицкого молельного дома)». Где в частности говорится: «Всвязи с тем, что президиум городско госовета, рассмотрев заявление членов религиозной общины Троицкого молельного дома, установил, что члены молельного дома просят помещение, занимаемое молельным домом, принять в муниципализированный фонд Барнаульского Городского совета, что религиозная община не существует с 20 июня 1937 года, на содержание помещения средств не имеет и сама община считает себя распущенной, – Оргкомитет ВЦИК постановляет: Руководствуясь статьями 34, 35, 51 постановления ВЦИК СНК от 3 апреля 1927 года, – передать помещение бывшей религиозной общины Троицкого молельного дома, Барнаульскому городскому совету для использования под культурные нужды города». Подписано председателем Оргкомитета ВЦИК Бабич. Под какие культурные нужды была сразу использована Троицкая церковь – неизвестно. Официальное закрытие церкви произошло 3 марта 1939 г.
Из документа исполнительного комитета Барнаульского городского совета депутатов трудящихся за № 0-16от 18 июля 1945 г. в бывшей Троицкой церкви по адресу Аванесова № 133-а (в 1927 г. Троицкий проспект был переименован в улицу Аванесова) квартал № 594 расположена столовая № 25. Горожане нагорной части Барнаула неоднократно возбуждали ходатайство о возвращении церкви верующим, но безрезультатно.
В 1947 г. в здании церкви был открыт кинотеатр «Алтай» с залом на 250 мест, который просуществовал много лет. Само здание было перестроено, добавлены пристройки. В настоящее время оно в аварийном состоянии и с объявлением о продаже на слом.